Монастырь находится под Покровом Пресвятой Богородицы, которая явилась пастухам и монахам в огненном столпе. После её явления остался след Пресвятой Богородицы – главной святыни Почаевской Лавры. Из этого места забил знаменитый целительный источник, который является местом паломничества и исцеления множества людей.
В 1559 году чудо исцелило брата Анны Гойской – так появилась вторая святыня – чудотворный образ Почаевской Пресвятой Богородицы.
Третья святыня Почаевского монастыря – мощи Прп. Иова Почаевского, который пришёл в него молиться денно и нощно. После смерти его мощи стались не тленными и были принесены в церковь после чудесного свечения.
Светильник нового покровителя Лавры воссиял 12 мая 2002 года – произошло прославление мощей Прп. Амфилохия Почаевского. Это событие принесло монастырю четвёртую святыню.
