Однако изъять из пещеры все останки на тот момент было невозможно из-за размещения костей — вход в пещеру очень узкий, всего 20 см шириной, а кости находились на глубине 12 метров. По этой причине в течение двух лет ученые занимались осторожным удалением остатков, и в сентябре 2015 вышла первая научная публикация в журнале eLife. Название этот вид гоминид получил благодаря пещере, в которой был найден — на языке сесото naledi означает «звезда».
По строению и телосложением H. naledi похож на популяцию небольших людей. Однако от них H. naledi отличается небольшим объёмом эндокраниума — базальной части черепа, что делает их похожими на австралопитеков. Морфология черепа H. naledi отличается от других представителей гоминид и достаточно уникальна, однако если сравнивать, то будет более похожей на ранних представителей рода Homo, включая Homo erectus, Homo habilis или Homo rudolfensis. Были обнаружены четыре черепа. У двух особей мужского пола объём мозга составлял 560 см³, у двух особей женского — 465 см³, что ближе к объёму мозга австралопитека Лобные доли низкие и короткие, облас
ть речевой зоны Брока́ достаточно выпуклая. Сильно развиты надбровные валики, лоб скошен, на задней части теменной кости имеется угловой торус, затылок укороченный и почти вертикальный с мощным наружным бугром.
Слуховые отверстия и сосцевидные отростки на височной кости маленькие и примитивные. Нёбо было мелким, но широким, подбородочное отверстие расположено высоко. Зубы имеют маленькие размеры, особенно моляры.
Cтроение посткраниального скелета имеет мозаичные черты. Кисть Homo naledi сохраняет удлинённость и примитивную изогнутость фаланг, но имеет прогрессивное строение запястья и продвинутые пропорции пальцев. На стопе развиты продольный и поперечный своды. Разные индивиды этой группы минимально отличаются друг от друга, а значит они принадлежат к одному виду
